遺伝的には古くからの血を受け継ぐ品種の一つで[2]、DNA分析からは次のように順次分岐してきたとされている(右図参照)。まず、イヌがハイイロオオカミから分岐した。そのイヌが、(1)柴犬、秋田犬などのアジアスピッツ系、およびチャウチャウ、シャー・ペイなどの青舌マスティフ系になる系統と、(2)バセンジー、アフガン・ハウンドなどのハウンド系およびシベリアン・ハスキー、アラスカン・マラミュートなどの北極スピッツ系になる系統と、に分岐した。その後(1)の系統からシャー・ペイが分岐して別れ、残りが柴犬・チャウチャウ・秋田犬群の系統となった。柴犬はこの時点の系統から最初に分岐した。なお残りのチャウチャウ・秋田犬群はその後それぞれに分岐した

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